Also ich bin zwar kein Hardware-Experte, aber ich sehe das genau umgekehrt:
Der Quarz (XTAL) beim V10 hat 25MHz, und das ist dann auch die Prozessor-Frequenz (PCLK). Beim 68040 wird diese Frequenz für den Bus (RAM/ROM) halbiert (d.h. BCLK = 12.5MHz), was aber in MAME eben nicht emuliert ist, sodaß in MAME der V10 eigentlich sogar schneller läuft als das Original.

So wie Du es schilderst würde die XTAL-Frequenz von 25MHz direkt für den BCLK verwendet, und für PCLK müßte diese dann ja auf 50MHz verdoppelt werden!?
Das erscheint mir eher unwahrscheinlich - bei vielen Geräten gibt's einen Frequenzteiler für die XTAL-Frequenz, aber von einem Frequenzvervielfacher hab ich noch nie etwas gehört.

Aber ich lasse mich gerne eines Besseren belehren ...