Ich hab mir das jetzt angeschaut und hab auch herausgefunden woran es liegt:
sobald Du so eine Einstellung änderst, schreibt MAME die entsprechende INI-Datei neu (in diesem Fall also at486.ini) - leider entfernt MAME dabei die Angabe der Festplatte!
Die vorletzte Zeile der at486.ini-Datei sollte (bzw. muß!) so aussehen:
"harddisk msdos622.chd"
Aber nach einer Änderung in diesen 'Advanced Options' steht da nur mehr "harddisk" aber nichts mehr dahinter.

Das ist definitiv wieder ein Bug in MAME, aber darum kann ich mich nun wirklich nicht auch noch kümmern - als einzige Lösung bleibt, daß Du nach solchen Konfigurations-Änderungen diese vorletzte Zeile selbst wieder richtigstellst.

Grüße,
Franz