Danke sehr, das hat schon geholfen. Habe die Bedenkzeit auf 240 min/Partie gesetzt, nun ist es deutlich besser. Wenn ich mit den 20 Nunn-Stellungen ein Turnier unter Arena durchführe, laufen aber nur ganz selten alle 40 Spiele ohne Probleme durch.
Bei mir 100% reproduzierbar ist zB folgende Ausgangsstellung als pgn Datei mit ARENA, wenn Fidelity Elite Glasgow mit weiß gegen MM V spielt:

[Event "?"]
[Site "?"]
[Date "2010.01.09"]
[Round "?"]
[White "Nunn05"]
[Black "?"]
[Result "*"]
[SetUp "1"]
[FEN "rnbq1rk1/1p2ppbp/2pp1np1/p7/P2PP3/2N2N1P/1PP1BPP1/R1BQ1RK1 b - - 0 1"]
[PlyCount "0"]


nach der Zugfolge 1. ...Nbd7 2.Bg5 c5 3.e5 cxd4 4.Qxd4 Nxe5 5.Nxe5 dxe5 6. Qxe5 Be6

leuchten/blinken nach dem Zug Qxe5 auf dem Brett vom Elite die LEDS auf d4 und e5 und das Spiel endet, weil er den Gegenzug Be6 nicht registriert. Der Elite denkt (wenn man Stellungskontrolle macht), dass die Dame noch auf d4 steht, obwohl er sie auf seinem und auch auf dem Arena-Brett bereits nach e5 gezogen hat, um den Bauern zu schlagen.
Ich habe das auf 2 unterschiedlichen PCs nachgespielt, immer das gleiche. Auch wenn man diese Ausgangsstellung für ein Mensch-Computer Turnier lädt und man für schwarz obige Zuge macht, passiert das gleiche.

Ich bin gespannt, ob auch hier das Problem vor dem Brett sitzt... :-) :-)