Hallo Franz,
anbei eine Stellung aus der CSS; Shredder 13 und Winboard übergeben unterschiedliche FEN-Strings an MessChess:

Shredder 13
8/8/6p1/3p4/Pk2p1PP/4K3/1p1N4/8 b - -

Winboard
8/8/6p1/3p4/Pk2p1PP/4K3/1p1N4/8 b - - 0 1


Das dürfte das Problem sein.
LG
Frank